协会依据国务院和上海市人民政府办公厅《关于本市促进行业协会发展的指导意见的通知》文件的指示精神，于2002年4月组织召开了第三届会员大会，经民主选举组成了第三届理事会，协会领导全由各企业的领导者担任。协会现有会员单位72家，涵盖上海市啤酒、黄酒、葡萄酒、白酒、老白酒、配制酒、洋酒等所有酒种的生产企业和部分酒类经销商，其中酒类生产企业占上海合法酒类生产企业的50%，包含了国有、三资、私有、股份合作等性质的企业，其会员企业的产量占全市酒品产量的95%以上。由上海市科技委员会批准，上海市酿酒专业协会设立酿酒科技咨询服务部，聘请国家级高级工程师、教授、博士后、国家级评酒员等专家为咨询顾问，为行业及国内外各界提供有关酿酒方面的科技咨询和市场信息等服务。上海市酿酒专业协会还设立了上海市酒类价格协调委员会，由上海市物价局指导，负责协调各酒类生产企业和经销单位进入上海市场的酒类价格。